Činnost oddělení vychází ze zákona č. 201/2012 Sb. o ochraně ovzduší v platném znění a ze souvisejících předpisů. Měření kvality ovzduší probíhá na brněnské pobočce ČHMÚ od roku 1970. Svou působností pokrývá kraje Jihomoravský, Zlínský a Vysočinu. V těchto krajích probíhá měření na 15 stanicích v automatickém režimu (PM10, PM2,5, SO2, NO, NO2, NOx, CO, O3), na 6 stanicích v manuálním režimu (PM10, PM2,5), na 5 lokalitách je odebírán benzen pomocí aktivního vzorkování, na 4 stanicích jsou odebírány polyaromatické uhlovodíky (PAH), na 4 stanicích jsou odebírány těžké kovy (arsen, kadmium, nikl, olovo) a na 2 stanicích se stanovuje kvalita srážek.
Vedoucí oddělení: Mgr. Jáchym Brzezina
Pobočka Brno ve svých laboratořích zajišťuje gravimetrické stanovení koncentrace suspendovaných částic PM10 a PM2,5 z oblastí v působnosti poboček Brno, Hradec Králové a Ostrava. V rámci inovace státní sítě imisního monitoringu (2015) byl zakoupen automatický vážicí stůl splňující nejpřísnější standardy pro gravimetrii. V Brně vznikla rovněž laboratoř elektronové mikroskopie pro hlubší analýzu částic jako součást pracovní skupiny identifikace zdrojů znečišťování ovzduší.
Imisní monitoring je již od roku 2005 akreditován dle ČSN EN ISO/IEC 17025:2005 jako zkušební laboratoř č. 1460 Českým institutem pro akreditaci, o. p. s. (ČIA). Akreditované zkoušky a odběry jsou uvedené v Příloze Osvědčení o akreditaci (viz www.cia.cz v sekci Seznam akreditovaných subjektů).
Personálně momentálně oddělení sestává z vedoucího, zástupce manažera jakosti, správce dat, operátora skenovacího elektronového mikroskopu, laborantky a tří techniků.